Lo studio scientifico dei funghi si deve svolgere sia a livello macroscopico (osservazione della forma, dimensioni, colore, odore) che microscopico, controllandone i caratteri anatomici: in moltissimi casi infatti è soltanto quest'ultima analisi che ci dà la certezza dell'identificazione della specie ritrovata. Si utilizzano microscopi con ingrandimento da 100 a 1000 volte e dei coloranti e reagenti chimici per favorire l'osservazione. Oggetto di studio principale sono le spore (i “semi” dei funghi), i basidi (cellule riproduttive), i cistidi (cellule sterili molto variabili presenti soprattutto accanto ai basidi) e la cuticola del cappello.

Disponiamo inoltre di una telecamera per microscopio che ci consente di seguire in diretta e su un grande schermo quanto viene osservato al microscopio durante le esercitazioni.